События в игре Super Meat Boy Forever происходят спустя несколько лет после оригинальной игры Super Meat Boy. Главные герои, Meat Boy и Bandage Girl, уже несколько лет живут счастливой жизнью без вмешательства Dr. Fetus, и у них появилась маленькая дочь, Nugget. Nugget является источником радости для Meat Boy и Bandage Girl, она невероятно дорога им. Однажды, когда они отправились на пикник, Dr. Fetus неожиданно напал на них, вырубил Meat Boy и Bandage Girl лопатой и похитил Nugget. Когда Meat Boy и Bandage Girl пришли в себя и поняли, что их дочь пропала, они решили бороться за ее спасение. Они обещали сами себе, что найдут свою малышку и отомстят Dr. Fetus. Они готовы пройти через множество испытаний и уроков, чтобы вернуть свою дочь и наказать злодея.